Để đảm bảo mọi người đi xe đều thấy dễ chịu, R-Class đã rất chú trọng đến hệ thống điều hòa khí hậu. Trang bị tiêu chuẩn của R-Class là hệ thống điều hòa khí hậu tự động THERMATIC có bộ lọc bụi và khử mùi, có thể phân chia 2 vùng nhiệt độ khác nhau cho khu vực của người lái và hành khách phía trước.
Hệ thống điều hòa khí hậu tự động đa vùng THERMOTRONIC là một trang bị tùy chọn. Hệ thống này cho phép thiết lập 3 vùng khí hậu riêng biệt cho người lái, hành khách phía trước và hành khách phía sau, bạn cũng có thể điều chỉnh nhiệt độ từ băng ghế thứ 2.
Có một ổ cắm điện 12V và hai khay giữ ly trang bị tùy chọn ở cuối bảng điều khiển trung tâm. Đó cũng là nơi bạn điều chỉnh hệ thống điều hòa khí hậu cho khoang sau. Các cửa gió được bố trí dọc theo thành xe.